Una serie di misteriosi omicidi porta Lara a confrontarsi con un sinistro Alchimista che viene dal passato ed una alleanza segreta di individui potenti legati da un mistero. Al centro di tutti questi misteri vi sono i Dipinti di Obscura - 5 capolavori del 14esimo secolo che l'Alchimista sta cercando di riavere. Accusata dell'omicidi di un suo mentore, Werner Von Croy, Lara diventa una fuggitiva che continuamente scappare. Inseguita dalla polizia, segue l'Alchimista in un oscuro mondo di sangue, tradimenti e vendetta dove solo lei avrà la possibilità di sconfiggere l'alleanza malefica.