Circa 20 anni dopo gli avvenimenti descritti in Deus Ex, il mondo sta appena iniziando a riprendersi da una depressione catastrofica a livello mondiale. In questo caotico periodo di ripresa, alcune fazioni religiose e politiche vedono un’opportunità per ridare forma ad un governo mondiale secondo i loro programmi, rendendosi conto che le mosse giuste di ora potrebbero ora determinare il destino della società umana per i decenni futuri, addirittura secoli. In questo incubo tecnologico, prendete parte nella lotta oscura per sollevare il mondo dalle sue stesse ceneri.